5.1.2. Молекулярни техники

Съвременният молекулярно-технологичен напредък в методите за мутагенеза и пренос на гени, значително увеличава диапазона от микроорганизми,   които са обект на  ДНК пренос от неблизко-родствени организми. Бариерата на рода и царството вече не е непреодолимо обстоятелство.

Модерните методи, използвани при бактериите позволяват интегрирането на рекомбинантния конструкт в специфични места на хромозомата или плазмидите. Все пак, процедурите за генна модификация трябва да се оценяват по отношение на тяхната сигурност. По тази причина предмет на дискусия са следнитеособености: характеристиките на микроорганизма-гостоприемник по отношение на включения(те) ген(и); особености на вектора и конструкта; методите за ДНК пренос.

Когато бактериите се използват като микроорганизми-гостоприемници, процедурата за оценка на риска изисква  наличие на данни за  безопасна консумация на този микроорганизъм като храна или като хранителен компонент. Ако това изискване не е изпълнено, безопасността на гостоприемника трябва да се изследва и установи. При гостоприемник – еукариотна клетка се прилагат същите съображения. Внесеният(те) ген(и) може да бъде получен от същия микробилаен вид или от еволюционно по-далечен организъм. Инсерционният генен продукт трябва да има история на безопасна употреба в храните или неговата сигурност трябва да се докаже. Колкото по-къс е вмъкнатият ДНК фрагмент, толкова по-намалена/улеснена ще бъде процедурата за оценка на хранителната безопасност.

По отношение на характеристиките на вектора и конструкта – ако векторът се използва като част от генома на ГММ, цялата ДНК секвенция трябва да бъде охарактеризирана, включително репликони, промотори, селективни маркери, линкери, както и всяка друга част на ДНК. Векторът трябва да съдържа нуклеотидна последователност от микроорганизми с история на безопасна употреба в храните. Селективните маркери трябва да се изберат много строго и въз основа на безопасната употреба, като маркерите за антибиотикова резистентност трябва да се избягват. Ако все пак те се ползват, трябва да се приложат специфични методи за отделянето им от генома на ГММ (напр. секвенционно специфична рекомбинация). При еукариотите са създадени специфични клониращи вектори, като центромерни плазмиди, дрождеви изкуствени хромозоми, плазмиди, базирани на ‘килър’ фактори и др.

Когато говорим за ДНК пренос има изискване за използването на методи от физична, химична и биологична природа, които да минимизират големи генетични пренареждания в генома на гостоприемника. При използването на интегративни вектори, нуклеотидната последователност на фланкиращите региони на интегративното място в хромозомата трябва да бъде характеризирана. Тази информация е необходима за предвиждането на риска от използваните методи. При еукариотите, има сигурни методи за директно интегриране на in vitro модифицирани или създадени генни конструкти в специфични хромозомни места и за делецията на гени, използвани при някой видове. Въз основа на тези методи, са създадени трансгенни конструкти, които са много стабилни по време на вегетативното размножаване на клетките. Съществува и възможност за рекомбинация чрез мейтинг с близки щамове на собствената микрофлора. Когато генетичните особености на използвания щам не са добре познати, недостатъчната информация за възможните рекомбинантни събития прави невъзможно предсказването на механизма и интеграционното място на чуждите гени. По този начин, е възможно методологията, използвана за генетична манипулация на дрожди и филаментозни гъби да позволи интегрирането в променливи места, които да предизвикат появата на различни биотехнологични свойства и генетична  нестабилност на ГММ.