5.1.1. Класически методи

Класическите методи за геномна модификация на микроорганизмите се разделят на два типа:

• Селекция на мутации, възникнали спонтанно и индуцирани от различни физични и химични фактори на средата. Спонтанните мутации са последица от пренареждането на наследствената ДНК молекула поради заместване на един нуклеотид с друг, добавянето или делецията на един или повече нуклеотиди или други типове реформации. Голям брой от спонтанните мутанти възникват поради движението на транспозонни елементи към нови места в двойно-верижната ДНК. Такива елементи са типични за растения, животни и микроби.
• Обмен на ДНК между близкородствени организми. Този тип на генна модификация при микроорганизмите се състои във въвеждането на нова генетична информация чрез хромозомна или плазмидна ДНК. Това събитие настъпва, когато ДНК от хромозомата на донорния микроорганизъм се интегрира в ДНК на реципиентния. Тъй като са само-реплициращи се, плазмидите пренасят ДНК от донора в реципиента без интегриране в хромозомалната ДНК. По този начин, плазмидната ДНК може да бъде пренесена към доста различаващи се организми, в сравнение с донора. Движението на плазмида може лесно да бъде проследено поради маркера, който се съдържа в неговата молекула (напр. антибиотична резистентност). Три различни класически типа на генен трансфер са характерни за бактериите. Счита се, че те протичат в природата: 
  • ДНК-свързана трансформация (ДНК се пренася като “гола” ДНК)
  • Трансдукция – преносът на ДНК се осъществява чрез вирус
  • Конюгация – ДНК се пренася по време на клетъчен контакт между донорните и реципиентните клетки.