Tespit etme işlemi, aşağıdaki bireysel aşamalardan oluşan bir prosedürü içermektedir:

1. Örnekleme. Numune alma stratejisi, GDO ya da türevlerinin miktarına dair güvenilir bir şekilde tahmin yürütmek için karmaşık istatistikleri içerir.
2. Homojenizasyon. Bu aşama, numunenin homojenizasyonunu içerir.
3. İzolasyon/saflaştırma. Bu adım, bir DNA, RNA ya da proteinin izolasyonu ve saflaştırılması ile ilgilidir. Bu adımdaki en kritik faktörler, test edilecek makromoleküllerin miktarı (konsantrasyonu), saflığı ve kalitesidir. Burada yine istatistikler bulunmaktadır.
4. Mevcut olma/yokluk analizi. Bu aşamada, GDO’nun veya türevinin varlığının ya da yokluğunun belirlemesi için analizler gerçekleştirilir. Yukarıda da belirtildiği gibi, çeşitli alternatif yöntemler mevcuttur; bu yöntemlerin her birisi, farklı GDO türevleri arasında ayrım yapmak için farklı bir yetenek ve yanlış (+) ve (-) sonuçları ile ilgili farklı güvenilirlik sunmaktadır. Bir tespit yöntemi seçerken dikkate alınması gereken diğer önemli noktalar da şunlardır: Tespit edilecek olan molekülün tamamen bozulmuş olma olasılığı, yani artık tespit edilemez olması; gıda işleme sırasında tespit etme yönteminin saptamak için tasarlandığı molekülün, çıkarılmış olma olasılığı; bir GDO karışımı üzerinde gerçekleştirilecek olan analizin ve tanımlama işleminin daha karmaşık ve zaman alıcı olma olasılığı gibi konular dikkate alınmalıdır.
5. Tanımlama. Tespit edilen molekülün belirlenmesi amacıyla, yanlış (+) reaksiyonları çıkarmak ve bulunan molekülün kimliğini teyit etmek için genellikle herhangi bir (+) sonucun doğrulanması gerekmektedir.
6. Miktar belirleme. Modifiye edilmiş malzemenin nicel tahmini, bu aşamada gerçekleştirilir. Yine burada miktar belirleme, her zaman bazı standartları gerektirdiğinden istatistikler önemlidir.
7. Analiz sonuçlarının yorumlanması.