5.3.3. Μέθοδοοι που βασίζονται σε πρωτεΐνη

Η βάση αυτών των μεθόδων είναι ανοσολογική και περιορίζεται σε ειδική σύνδεση του «αντιγόνου-αντισώματος» και κλασσική ανάλυση ELISA. Η αντίδραση αντιγόνο - αντίσωμα αναγνωρίζει το ξένο μόριο, συνδέεται με αυτό και το προκύπτον σύμπλοκο ανιχνεύεται συνήθως με χρωμογόνο αντίδραση. Επειδή το αντίσωμα που απαιτείται για την ανίχνευση του αντιγόνου δεν θα μπορούσε να αναπτυχθεί χωρίς πρόσβαση στο ίδιο το καθαρισμένο αντισώμα, αυτό θα πρέπει να συντεθεί τεχνητά σύμφωνα με μια γνωστή αλληλουχία αμινοξέος ή να καθαριστεί από τους ΓΤΟ που εξετάστηκαν.

Τυπικά, το διαγονιδιακό προϊόν είναι ένα μικρό πολυπεπτίδιο ή πρωτεΐνη η οποία μπορεί να εκφραστεί κάτω από τον έλεγχο ενός ισχυρού συστατικού προαγωγού σε κάθε ιστό, και πρακτικά σε οποιαδήποτε στιγμή του κύκλου ζωής του φυτού. Ως εκ τούτου, η πρωτεΐνη είναι σε επαρκή ποσότητα και αποτελεί έναν αναλυτικό στόχο. Ωστόσο, θα πρέπει να ληφθεί υπόψι ότι πρόσφατα στα τροποποιημένα φυτά η επιθυμητή πρωτεΐνη συντίθεται μόνο υπό τον έλεγχο ενός επαγόμενου υποκινητή (δηλαδή κάτω από συνθήκες στρες κατά τη διάρκεια ενός συγκεκριμένου σταδίου του κύκλου ζωής, κλπ.). Σε αυτήν την περίπτωση, η ανίχνευση και η ανάλυση για την παρουσία ανασυνδυασμένης πρωτεΐνης είναι ανεπαρκείς.